【东山随笔#3】

【东山月光下】主要还是会发文献分享，只是有时整理一下平常的思考。

个人浅写一些日常想法，可能未经严谨考虑，见笑于大方之家，还请轻喷。

这些是整个9~10月的思考。

第一部分：科研孤独

孤岛与桥梁

每个人都是一座孤岛，但爱和善良可以成为跨海大桥，但来往者终究只是游客而已。愿意开放大门就很可贵了。

每个人终究还是孤岛的，只不过偶尔出去进货而已。把握进货的欢乐时光吧，与亲爱的朋友热情相拥。

少无适俗韵，性本爱丘山。 误落尘网中，一去三十年。

闭门造车的慰藉

只有赵海洋钢琴曲和微信读书给人以安慰。闭门造车又有何不可呢？不是每个人都是逐日的夸父。

还是萨克斯、马头琴给人以安慰。

云无心以出岫，鸟倦飞而知还。断绝与世界的联系并不能获得真正的解脱，但有助于窥见真理。

支持系统的缺失

其实就是压力较大，总得找个人来号。如果要转移痛苦给别人，就肆无忌惮地转移吧。人都是自己所相信的而活着。不能给别人带来价值的话，就索取得少一点。挖掘自己深层的贪欲，便知逃避不能解除痛苦，而是在做选择之初就已决定。缺乏支持系统的人是这样的。可能应该多接近积极向上的人，分享一些漏出的阳光。

所以所有的恶意都是源于不交流。不交流也好，交流的话光给别人输出压力让别人分担，也没有必要。

批评别人往往只是从别人身上看出无能为力的自己。

研究深度和认知广度的矛盾

协作的困境

不是不想帮人，实是能力有限。和别人相关的课题，总是引入竞争的心态，导致压力，遂不可。低熵体为什么不把团结协作刻到DNA里呢，这样还省了后天教育的事，效率也提高了。没有贪婪爱恨，没有痛苦逃避，每个人都自然地合群，便没有那么多曲折的故事。集体智慧的一个零件，自由意志也许也是个诅咒，就有很好的生活。

一群人可以走得很远，但不可能去改变。要强大自己，多水成果。永远没有理想世界。

自我认知

我连个p都不懂的，但不全是我的错啊。总是无视荣光而盯着短板。他们说要望着隧道口的光，是该顶着尘土前进还是承认痛即是错误的路？多吃好吃的就peace了。

足够牛逼就不会有烦恼和局限，我还是向内寻求答案。

个人选择与价值观

帆仔的一生就是摸鱼的一生：要找个尽可能清闲的工作，空余时间全部搞副业，为热爱而做事情。

不要多进程干多个活。我以后当员工就行了，如果有靠谱的老板。给我idea，写写代码我很快乐，为大佬打工，回报少一点也没关系。边做课题边出软件很快乐，是快速获得正反馈的方式，没人用我的软件也没关系，朋友圈公众号混一些点赞我也很开心的。

科研方向的选择

写代码搞技术的同时还是应该学会东西，不能光急着出成果。做science更得如此。不能太无脑。努力啊，对着永恒不息的代码！工具主要是做cheminformatics、自由能计算，药物设计已经快废了，非要做science还是尽量metal。短时间内不接入新话题了，也包括metal吧，还是要结掉。

做那么多课题干什么，值得深究的东西那么多。但是只有真的做才能弄懂一个东西。

科研还是可以多问问别人的。大家说得对，要么往大做，要么往小尺度做，打死都不要卷、倾向做金属、自由能就得按科研的标准来调研。不过很讨厌整天谈novelty、story，持”认知失调”，越做工具就会越过厌science。

独立思考

不能总觉得别人做的都是对的，不care别人做了什么。

又何必diss别人呢，各自安好就行了，也没给我找什么事，反倒能成为更独立的个体。自己还有很多事要忙。外界环境跟我狗屁关系都没有，啥都不要管。要赶紧多发公众号。任何人的看法都是有局限性的，所以别听我胡言乱语。

热爱与坚持

引用自苏群老师：

不再享受到乐趣，那就结束，当机立断，这也是一种生活态度。拼命努力而得不到，失去乐趣又日复一日地维持，都很痛苦。年复一年日复一日做同一件事，的确很不容易，除了热爱和享受，还得有毅力坚持。这样你就能理解，为什么我经常要出去摄影，拍一拍祖国的大好河山。过几天临近开赛，我又准备去南疆拍胡杨林。赛季很长，金秋很短，热爱你的热爱，享受你的享受吧。

第二部分：对课题组的建议

保持批判性思维

批判是为了升华，只有招生和大方向把控（氛围营造）问题是必然可以在OM上喷的。

我们自己还是菜，支撑不了国内的牛逼老板。总是可以给他开脱的，可能他并没有那么牛逼，不足以战胜学术圈的弊端。生存和现实是很难，但总要有原则的。年轻人要认清楚这一点，不要搞崇拜，要有批判思维，吾更爱真理。

可能到了四年级就是会彻底明白一切，想想去年谁是反动派，实是错怪。

关于免疫组的具体建议

免疫组还是建议做biology机制和物理化学机制，自己出实验和MD数据之前不要做AI了，结掉现有的课题。学生物和物理的同学优先做机制，让其他专业的也学着背景，将来做AI。做binder唯一的建议是扩大湿实验室，找真正懂实验且忠诚的人。只有祝福他们。

关于指导方式的期待

课题要多理思路，最好老师帮忙。如果老师指导，我非常愿意花一整天写长长的半月报，跟做PPT一个意思。

团建还是应该多学science，开大会什么都学不到。感谢大小朋友们。

来自diary2的相关思考

关于课题组的现状与出路（摘自diary2”对IQB之出师表”）：

本课题组的现状就是一团散沙，各做各的。基本上就是6个课题组共处一室，有一些合作课题而已。如果没有人做出巨大牺牲，是永远不可能形成合力的。而其中人数最多的一个小组，除了都会做FEP就没什么关系，其中又各有各的方向，还是多个方向。小课题组也不是不能有产出，但也没有合力，且人均资源和单独的小课题组也相当，那这么算出文章的速率和其他组也差不多。但如果形成合力，则有助于功能模块共享、对科学问题的分工挖掘，局面可能大有不同，是我没体验过的那种。我想这已经是不可能发生的事情了。

本课题组也算追随科学前沿了，AI就是最热门的方向，比相分离、合成生物学什么的热门多了。但是没赶上这一波风口，为什么？一是动作不够快，没占着坑，2025年等大家把坑全都占了，纯粹的AI4S的简单应用人头攒动，毫无吸引力可言，只暴露出数据依赖和可解释性差的致命弱点。只能是在具体的小体系上捡拾剩余的萝卜（当然AI推产业才慢慢开始）。为什么动作不够快？也许是缺乏专业计算机人的指导，但主要就是没有成功make it。二是没有深挖出来物理或算法，逐渐脱离物理学院。之前的纳米生物相互作用，至少自成体系。既然不打算做biology湿实验的课题，也没有靠谱的合作，抗原肽体系本就应该适可而止，证明了一定的可行性就行了，当做一个常规的机制解释方式，因为众所周知其最终还是逃不掉复杂的biology。更不用说binder设计的工具早已层出不穷，而且这些都是给实验组用的工具，目的就是一击即中，一个计算组不搞算法光使用，甚至针对复杂问题的流程都不搞，那读硕士就可以了。

建议：

1. 要有自己的做计算的主方向，比如免疫和蛋白质构象疾病（PCD），要把人集中到主方向上。之前我diss这些主方向，也只是因为做得不够好、方案不够好。只要大部分人做的是自己的主方向，一是能集中力量挖掘科学问题、出成果，已经陈述过。二是这样自然有了很多理由过滤掉大量的合作课题，去粗存精，因为我们没人手没资源了，我们只做个别真的非常有价值的，然后一起申本子，这样就更加能集中方向了。

2. 现有的成员要提高战斗力；未来要提高招生质量，要主动出手宣传，目的是招到全浙大最好的学生。一定是需要一些强有力的人来整合各个方向，真正地读文献并给出正确的且相关而不同的科研方向，使团队走上正轨。在执行层面，招聘合适的博后也许是必要的，且他们有更强的整合方向的能力。

我自己也要反思，因为不受限制，所以总想探索自己的方向，而且特别讨厌内卷，一旦有人做类似的就要坚决避开这个方向，仿佛都是敌人；或者自己都承认本子写得欠考虑，还没有做软件靠谱。但实际上问题挖深了完全可以分工解决，但我们并没有挖掘过什么问题。

这些我也只是说说，如果做不到也没办法，我也不懂具体怎么执行。大多数人都做不到，甚至没有能做到这些所需的资源。而且我以后就写软件去了，或许也跟我无关，不再讨论这样的规划。这也是给低年级学生的warning，如果你打算好好做Science，就谨慎考虑自己的选择，趁早开始挖掘科学问题，多和各种人讨论，规避掉现在这些坑。

关于AI4S的思考（摘自diary2）：

AI模型的黑盒属性导致其无法直接用于传统Science的体系（我理解是，了解某个东西的某些性质，总结出普适的规律），更适合做Engineering（做出对现实有用的东西，预测，生成）。所以说大部分AI应用做的都不是Science，是Engineering，当然我们组做的很多也是Engineering而已。一个AI模型的价值在于：要么就是数据挖掘，生信这种大数据，常规方法分析不了，你能挖到科学的insights；要么是某一步用简单理论和流程解决不了的问题你能拟合出来或有效采样。AI4S或Engineering反倒不是谁都能做，而是在一个领域经验丰富的人知道痛点在哪并用AI很好地解决，比如Baker，侯老师。反正在我们组大家第一个课题大多还是做MD，了解分子结构、互作什么的到底是怎么回事，再去搞数据也是好事。

免疫组还说侯老师把他们的方向都抢了，计算和实验都比我们强

我的导师说过：”志存高远非常重要，我们的研究目标一定要远大，要努力去解决一个大的科学问题。在某种程度上，解决一个大问题的30%，也比解决一个小问题的70%要好，甚至比你100%解决一个小问题要好。”

这是我给新研究生的建议，要扎实地去了解背景，提出正确的科学问题，同时以1~2个小课题为媒介学习具体技术。

当然，不是谁都做得到的，我就有点难了。也有部分原因是没有人引导我走到一个大问题上，都是自己探索的。所以，取巧的办法一种是蹭热点快速发表，一种是做冷门的方向，这样都不会被人抢发。达则兼济天下，穷则独善其身。

少年自应志宇宙，微调内卷不可求。 科研当立群山头，突破创新信手有。